ひとつの方法は、Ｔ細胞が自己たんぱく質と外来たんぱく質を区別できることを確実にすることである。
それぞれの細胞において、複雑な一連の反応がたんぱく質をペプチドと呼ばれる短い断片に分解し、それらを細胞の表面に提示する。
もしこれらのペプチドがＴ細胞によって自己のペプチドとして認識されるならば、その細胞はそのままにしておかれる。
一方、ウイルスに感染した細胞では、ウイルス性たんぱく質がこの反応経路に入り込んでペプチドに分解される。
細胞表面に提示されたこれらのウイルス性たんぱく質は、それらが異物である事実をＴ細胞に警告してこの細胞を殺させる旗印の役割を果たす。
したがって、もしウイルスがこのような細胞のペプチド提示を妨害することができるならば、彼らウイルスはおそらく自分の存在を偽装することができるＣＭＶ（サイトメガロウイルス）は、二種類のたんぱく質をつくる。
この二つのたんぱく質は、どうにかして細胞を誘導し、通常はウイルス性ペプチドを小胞体から細胞表面へ運ぶ役をする細胞自身の分子を、細胞自身の酵素を使って切り刻ませるのである。
この過程がどのように働くのかは完全に明らかでないが、ＣＭＶ感染細胞においては、新しくつくられたキャリアーたんぱく質は一分もしないうちに分るのである。
そして作用する酵素によってベプチドに切り刻まれなければならない。
Eーバーウイルス（ＥＢＶ）として知られるヘルペスウイルスは、きわめて効果的にこれを回避している。
このウイルスは、宿主細胞の内部に潜伏するのにたったひとつのたんぱく質の助けを必要とするだけである。
このたんぱく質は、Ｔ細胞によって認識されるサイズのペプチドに細胞の酵素が分解できない珍しいたんぱく質であり、ゆえに、このたんぱく質しか発現しないＥＢＶに感染した細胞は、Ｔ細胞に気づかれないままでいることができるのである。
この過程における次の段階は、小胞体（細胞表面へ発送するための分子を集めることを専門にする細胞内の区画）ヘペプチドを護送する特別なトランスポーター分子（ＴＡＰ、ペプチド転送因子と呼ばれる）に関係している。
ここでは、各ペプチドは一個のキャリアー分子に付着して細胞表面へ運ばれ、そこで通りがかりのＴ細胞によって認識されてそれによる死の一撃を待つのである。
単純疱疹ウイルスは、ＴＡＰに結合してそれを不活性化するたんぱく質をつくることによって細胞の裏をかく。
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